我认为最可能的原因是：种鸽育雏前毛滴虫没有清理干净。

再有就是这两羽种鸽血缘太近了。

种鸽配对前必须清理毛滴虫，你的鸽子可能是配对之前没有清理好毛滴虫，再有出壳后脐带有紫药水擦一下，避免感染，鸽子育雏第一窝最好，以后越出越弱。

细菌作怪,前年我舍也发生过,克服办法,加强消毒,鸽舍通风,饮食干净,

试试这个方法，祝你成功。
  　甲硝唑又名灭消灵、甲硝唑达METRONIDAZOLE(Flaggl)是治疗滴虫病的首选药物，坚持一个疗程一般治愈率达90％以上，是世界卫生组织（WHO）遴选为治疗厌氧菌感染的基本药物。 
    甲硝唑是一种内服外用双向性抗菌药物。是广谱抗厌氧菌和抗原虫药，此药对脆弱拟杆菌有杆菌、破伤风杆菌、消化球菌、链球菌、贾第鞭毛虫有较好的治疗作用。对体内组织及肠腔内的阿米巴病的疗效显著，也是人体治疗虫病的首选药物。此药按规定服用时，生物利用度高，在医院经常用于预防和治疗因厌氧菌引起的呼吸道，消化道，腹腔及盆腔感染，皮肤软组织及骨关节感染，心膜炎，败血症和脑的治疗。
    此药最大好处是治愈率高，毒性小（此点极重要），能口服。注意事项：不要与土霉素同时服用，合用会减弱抗滴虫的效果。
    将此药用于喉咙不适，口腔不洁，有粘液或块状物，捉在手中气急口喘等几种症状的鸽子。用药量为：每次1/2片，每日早晚各一次，速服3日。对鸽子毛滴虫病，外加用棉签沾上甲硝唑化成的药水口腔擦洗，效果出奇的好。
　　甲硝唑在幼鸽哺乳期的应用。幼鸽哺乳期，虽有母乳中免疫物质能保障幼鸽健康成长。但有时食物不新鲜，或饮水不洁，会使幼鸽生病乃至死亡。
　　1号棚20只，自出壳第6天起，每隔一日喂1/8粒甲硝唑，连服4次为一个试验阶段，20只鸽子每日嗉囔饱满，龙骨平直，讨食能力强劲，成长快，出棚早。2号棚11只幼鸽不添加任何辅助药物、微量元素和预防药剂，但在孵化第10天起，检查幼鸽的四项指标：1）嗉囔饱满程度，2）胸肌平整度，3）龙骨是否平直，4）粪便是否过湿时，发现有3只幼鸽出现肌肉不平整，腹部皮肤出现细微皱纹，另2只粪便较稀，于是，按日龄大小，分别给它们口服甲硝唑1/8或1/6粒加Ve速服3天，这5只鸽子一周内全部恢复了正常，直至出棚飞翔。这二次试验范围较小，但已能看出甲硝唑在预防幼鸽衣原体菌，毛滴虫，消化球菌，阿米巴痢疾等鸽子易感染的疾病中，有良好的作用。
　　甲硝唑是世界卫生组织遴选的药物，可以断定这种药物在人体中经过无数次临床验证后才确定其推广价值，并在世界范围内得到广泛认可。目前，鸽子生病的机遇已大大超过上世纪70年代前期，部分原因可能是国外鸽子携带进来的，也有现时个人养鸽数量猛增，疾病交叉感染的机遇增大不无关系。

加强消毒,鸽舍通风,饮食干净,

繁殖前应该先清理鸽子的病\虫,然后在繁殖!

加强对鸽子的病的预防.

应该是近亲造成的问题

你的鸽子其中有一羽是严重的沙门氏携带者，幼鸽在蛋内就已经感染了沙门氏，所以即使能出壳也活不了几天。

种鸽育雏前毛滴虫没有清理干净。

种鸽有病.

种鸽有问题

是种鸽有问题